1973年，浙江余姚河姆渡出土了许多支孔数不等的禽骨。这些禽骨经碳十四检测，已有七千年历史，经专家们鉴定，认定他们是先民用以诱捕飞禽的狩猎工具。部分骨哨，至今仍可以吹出简单的音调，与鸟鸣相象。此外，中国最古老的埙也是在这里出土的，不过只有一个吹孔，无音孔，只能发一音。埙可以称之为中国陶笛的最初形态。
陶笛在南美洲
陶笛在南美洲的历史，最早可以追溯到起源公元前2000年，在南美洲的厄瓜多尔出土了一批粘土烧制的器具，其中有一些可以吹奏简单的乐曲。公元前500至600年，玛雅人制作的陶笛可以吹奏完整的音阶。
西班牙占领美洲后，在1527年，陶笛被墨西哥的阿芝台克艺人带到欧洲。1860年Giuseppe Donati在意大利成立了第一个工厂开始制作陶笛，他们对原先流行的陶笛进行了改造，现在看到的意大利十孔陶笛就是在那以后出现的。
第一次和第二次世界大战期间，由于陶笛尺寸小，易于吹奏，为了鼓舞士气，美国军中开始流行这种乐器，为了便于批量生产，一般都采用石膏或塑胶材料，形状多采用小鹅形状和甘薯的形状。在《17号囚房》这部电影可以看到有关这种陶笛的情况。
1963年，英国伦敦的John Taylor制作了第一个四孔的陶笛，四个大小不同的孔好像是二进制的排列，可以组合出十六种不同的状态，第一次用很少的孔实现了更多的音。指法也和以前的顺序指法不同，采用的是交叉指法，此外在还可以扩展为5孔、6孔甚至更多，音域也随之增加。
