不同是很大的。
首先，长笛是没有膜的，笛子是有膜的。长笛是金属的，笛子是竹子的。
其次，在吹奏上，长笛的半音是靠机械传动的按钮，堵住不同的16孔发音，半音很准确，有固定的半音指法。而笛子是靠堵住7孔发出全音，半音是靠堵半孔发音，笛子半音所以是靠感觉来寻找的，可能会不准。
再次，吹奏技法上，笛子有循环换气和花舌这些技巧。长笛在最近才开始利用，古代一直是没这些技巧的。长笛、短笛是属于西洋管乐的，是镍银合金或银合金制成，而民族乐器里还有一种是竹笛。
长笛和短笛是固定调乐器，不移调记谱，只是需要看五线谱；竹笛是首调乐器，每支笛子固定一个调，每套有6支、7支或12支，要适应不同调子乐曲的演奏，比如你吹D调要用D调的笛子，吹G调要用G调的笛子，看的是简谱。
长笛的造价贵一些，初学用3000左右的乐器，竹笛几百块，但是终生需要买笛膜，且要准备N把不同调号的笛子；
从学习上来说，口风的松紧，长笛松一些，短笛和竹笛紧，
音色上，长笛浑厚悠扬，短笛竹笛尖锐清脆
乐器色彩上，长笛比较宽广，短笛竹笛有点“聒噪”
个人建议你学长笛，口风容易控制，从音色上来讲可以演奏不同风格的曲目，要深沉可以深沉，要明快可以明快。短笛和长笛可以算是同宗，但是短笛的嘴需要相当大的控制力，音域窄，应用也相对窄。而竹笛太聒噪尖锐，因为名族文化的原因，还分流派，技巧分类也颇多。
长笛是有很多中国曲子的，但是！大都是模仿的萧的效果和音域——因为本来就跟竹笛的音域不同的（当然也看什么调的竹笛），
如果说竹笛去吹长笛，那是更加的牵强了，
原因主要在于，长笛的吹口和内径（管粗细的直径）都比竹笛大的多，嘴巴松，口腔打开，是哈气的感觉，有管体的贯通感。这样，费气必定比竹笛多，对舌头的要求也高。而且长笛在不同的音区气流的角度和口风的变化也略有差异。
竹笛要嘴劲大，口风紧，作品风格比较自由，有很多装饰音和华彩片段，可以自行创新，长笛比较严谨，不允许自行改变速度和风格，大多作品比较规整
长笛是共性乐器，要求和乐队融为一体，竹笛是个性乐器，再大的乐队音量也压不住它。两件乐器的个性不同，吹法自然不同。长笛作为西乐，努力追求音色上的和缓，与乐队趋同；竹笛音量变化大，吹奏中不能吹得太平淡，并且竹笛追求音色的松脆，个性明显。
再说一个实例：
我曾经排过一段管乐队与竹笛合作的《马刀舞曲》（竹笛是旋律、管乐队只是伴奏），其间因为演奏空间造成的声音回响的关系，乐队声音过大，掩盖了旋律，所以增加主旋律部分，于是我客串了竹笛的二声部，练习中大家评论说，我吹竹笛……感觉似吹长笛，大老远听见就知道是我在吹，而不是竹笛手在吹。
技巧方面没得比阿 因为竹笛就是以技巧著称的 先说手指的吧 西洋的长笛 无滑音 抹音 揉音 飞指 赠音 等 西洋的都没有 再说舌头 笛子有花舌 哨笛音 西洋的无。再说喉咙的 中国有喉音 西洋的无 不过西洋的指法比竹笛的复杂很多 但是竹笛的手指控制半孔音的又比西洋的困难 没提到的技巧基本是双方都有的 总体来说双方各有千秋 不过我支持中国的！
